Ответ:
Здравствуйте. Слова "атомный" (удар. на первую гласную) и "атомарный" (удар. на третью гласную) используются в различных ситуациях.
Атомарный, ая, ое
1. Существующий в виде атомов, не соединенных в молекулы (Атомарный водород)
2. Дробный, нецелостный (Атомарная картина мира).
Атомный, ая, ое
Относящийся к атому, связанный с ним (Атомная структура. Атомная единица массы. Атомное ядро. Атомная энергия. Атомный ледокол. Атомная бомба).
(См.: Большой академический словарь русского языка / гл. ред. К.С. Горбачевич. - М. ; СПб. : Наука, 2004. - Т. 1. - 662 с.).
[Владимирская областная универсальная научная библиотека]